Suojärven kaupunginosan historiallinen kohtalo liittyy sen raja-asentoon. Alue on ollut aktiivisten taistelujen näyttämönä: Neuvostoliiton ja Suomen välisessä sodassa 1939-1940 ja Suuressa isänmaallisessa sodassa 1941-1944. Sitkeät taistelut käytiin Suojärven laitamilla, Suojärven ympärillä. Täällä on tähän asti säästetty puolustustöiden jäänteitä: juoksuhautoja, juoksuhautoja ja notkelmia. Siellä on neuvostoliittolaisten ja suomalaisten sotilaiden yhteishautoja, siellä on muistokylttejä.
Talvisodan tulosten mukaan Suojärvi liitettiin Neuvostoliittoon 12.3.1940. 09.07.1940 rajanaapurina Suojärven piiristä muodostettiin osa Karjalais-Suomen SNT:tä. Lokakuun alussa 1941 vihollinen onnistui kuitenkin kolmen kuukauden kovien taistelujen jälkeen miehittämään Suojärven piirin kokonaan. Miehityshallinto on ollut vallassa kolme pitkää sotavuotta.
Sotatoimien tulosten mukaan kaupunki oli jälleen raunioina, Kaipinskin metsäalue, Petroskoi-Suojärvi-rata tuhoutuivat, ja ympärillä oli paljon miinakenttiä. Suojärven vapautus tapahtui heinäkuussa 1944. Kaupungin ja kaupunginosan tuhoutuneiden yritysten kunnostaminen alkoi.
